有机肥由于加工或施用方法不当，可能存在以下潜在风险：腐熟不完全带来的有害微生物、病虫草害，施入土壤后影响作物发芽或导致烧苗；畜禽粪中含有的重金属、抗生素及其他有机无机污染物，长期大量施用后，其积累量超过环境的容纳消解能力，可能造成有害物质积累；长期过量施用有机肥，可能会造成部分营养元素，比如磷元素的过量积累，进而造成养分淋溶流失，加剧农业面源污染。

　　有机肥应该进行无害化处理，要严格控制杂质和有毒有害物质含量。值得注意的是，以秸秆—绿肥为代表的有机肥源，具有原位、无外源污染物投入的特点，是一种较为安全的有机养分供应方式。应根据作物养分需求及土壤条件，将有机肥料与无机肥料合理配合使用。一般大田粮油作物及生育期较短的经济作物，有机养分替代量推荐不超过30%，生育期较长的经济作物，有机养分替代量推荐不超过50%。

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